ResumenAlgunos estudios metagenómicos han sugerido que menos del 10% de las células que componen nuestro cuerpo son células del Homo sapiens. El 90% restante son células bacterianas. La descripción de este llamado microbioma humano es de gran interés e importancia por varias razones. Por un lado, nos ayuda a redefinir lo que es un individuo biológico. Sugerimos que el individuo humano se describe mejor ahora como un superindividuo en el que coexisten un gran número de especies diferentes (incluido el Homo sapiens). Los nuevos conceptos de individualidad biológica deben ir más allá de las limitaciones tradicionales de nuestra propia piel para incluir a nuestros microbios residentes. Además de sus importantes contribuciones a la ciencia, la investigación del microbioma plantea cuestiones filosóficas que nos afectan de cerca. ¿Qué queda del Homo sapiens? Si la mayoría de nuestras células no son células de Homo sapiens, ¿qué significa ser un ser humano individual? En este artículo, sostenemos que el individuo biológico está determinado por la cantidad de integración funcional entre sus partes constitutivas, una definición que se aplica perfectamente al Homo sapiens y su microbioma.
Comparación de la longitud del tracto digestivo
Los genomas UMGS generados en este trabajo fueron depositados en ENA, bajo la accesión de estudio ERP108418. Los 92.143 MAGs con QS >50, así como los resultados de cuantificación de BWA y sourmash, todos los árboles filogenéticos y los resultados del análisis funcional con InterProScan, GP y GhostKOALA están disponibles en ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/metagenomics/umgs_analyses/.
Datos extendidos Fig. 3 Reproducibilidad técnica de los MAGs.a, MAGs resultantes del pipeline MetaWRAP (izquierda, n = 9.552) y de un enfoque de coensamblaje modificado (derecha, n = 4.404) comparados con los MAGs originales generados con SPAdes y MetaBAT para 1.000 conjuntos de datos aleatorios. Una buena coincidencia se definió como ≥95% de ANI sobre ≥60% de fracción de alineación, mientras que una coincidencia excelente indica ≥98% de ANI sobre ≥80% de alineación. b, Proporción de MAGs generados con cada pipeline (MetaWRAP y coensamblaje) coloreados por su nivel de coincidencia con el conjunto original.Datos ampliados Fig. 4 Diversidad filogenética de los genomas de aislados específicos humanos. Árbol filogenético de los 2.468 genomas HR, etiquetados según la clase, con los gráficos de barras en la capa exterior que representan el número transformado por el logaritmo de los MAGs que coinciden con el genoma correspondiente.Datos ampliados Fig. 5 Análisis de los grupos de similitud Mash.Correlación de Pearson entre el número transformado por el logaritmo de los MAGs y el número correspondiente de muestras distintas (a) o estudios (b) por grupo Mash. Los puntos de datos representan cada uno de los 702 grupos de similitud (definidos con una distancia Mash <0,2). El coeficiente de determinación (R2) se representa en cada gráfico.
Sistema digestivo
El tiempo de digestión varía entre individuos y entre hombres y mujeres. Después de comer, los alimentos tardan entre seis y ocho horas en pasar por el estómago y el intestino delgado. A continuación, los alimentos entran en el intestino grueso (colon) para su posterior digestión, absorción de agua y, finalmente, eliminación de los alimentos no digeridos. Los alimentos tardan unas 36 horas en recorrer todo el colon. En total, todo el proceso -desde que se traga la comida hasta que sale del cuerpo en forma de heces- dura entre dos y cinco días, dependiendo de cada persona.
Longitud del colon
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Hasta hace poco, si la mayoría de la gente pensaba en esas bacterias, tendíamos a pensar en ellas como algo bastante separado de nosotros. Ayudan a la digestión, pero por lo demás se quedan en su lado del revestimiento intestinal, y nosotros en el nuestro. Pero, de hecho, existe una gran interacción entre el sistema inmunitario del cuerpo y las bacterias del intestino. Los investigadores del Johns Hopkins están ahora en las primeras fases de averiguar cómo cambia la composición del intestino en diferentes enfermedades, cómo interactúa el sistema inmunitario del cuerpo con estos diminutos autoestopistas y, en particular, cómo puede funcionar esa relación en la enfermedad.
«Una gran parte del sistema inmunitario se encuentra en el tracto gastrointestinal», afirma Dan Peterson, profesor adjunto de patología de la Facultad de Medicina de la Universidad Johns Hopkins. «El sistema inmunitario está dentro de tu cuerpo, y las bacterias están fuera de él». Y sin embargo, interactúan. Por ejemplo, ciertas células del revestimiento del intestino se pasan la vida excretando cantidades masivas de anticuerpos en el intestino. «Eso es lo que intentamos comprender: qué tipos de anticuerpos se fabrican y cómo intenta el cuerpo controlar la interacción entre nosotros y las bacterias del exterior».
